琼脂糖(agarose)或聚丙烯酰胺凝胶电泳(polyacrylamide gel electrophoresis;PAGE)是分离、识别和纯化核酸分子的标准方法。琼脂糖凝胶电泳是用琼脂糖作为支持介质的一种电泳方法,其兼有“分子筛”和“电泳”的双重作用。琼脂糖凝胶约可区分相差100碱基的DNA的片段,其分辨率比聚丙烯酰胺凝胶低,但分离范围广。普通琼脂糖凝胶分离DNA的范围为0.2-20kb,利用脉冲电泳,可分离高达107bp的DNA的片段。琼脂糖凝胶电泳浓度通常在0.5~2%之间,低浓度的用来进行大片段核酸的电泳,高浓度的用来进行小片段分析。